Ze względu na działalność w Szarych Szeregach nie miał prawa pływania po morzu. Dopiero w 1956 r. słuchaczy szkoły morskiej zrehabilitowano, a E. Daszkowski w 1958 r. jako młodszy marynarz zamustrował na „Chochliku”. Po 11 latach został kapitanem żeglugi wielkiej. Dowodził wieloma statkami, także pod obca banderą. W latach 1972-78 był rektorem Wyższej Szkoły Morskiej w Szczecinie.
Kochał Wyszków, lubił mówić o naszym mieście i zawsze chętnie do niego wracał.
Eugeniusz A. Daszkowski jest autorem kilkunastu książek o tematyce morskiej, ale dla wyszkowian najważniejsze są wydane w 1996 r. autobiograficzne wspomnienia „Mój Wyszków”, obejmujące lata 1930-1948 oraz wydane w 2000 r. „Wyszkowskie wspomnienia”, będące kontynuacją „Mojego Wyszkowa”.